第８１回選抜高校野球大会に選出される３校の２１世紀枠候補は以下の９校。

■北海道　北海学園札幌高
北海道大会準優勝。
今大会の２１世紀候補の中では唯一の私立校。１９２０年に札幌商高野球部として創部し、春２回、夏８回の甲子園出場を誇る。国際貢献活動が盛んで、発展途上国へ学用品の寄付などを行っている。昨秋の道大会では、“ダルビッシュ２世”の異名を持つ１９０センチの長身右腕・鍵政を中心に決勝進出を果たした。

■東北　利府高（宮城）
東北大会４強。県大会優勝。
昨秋の県大会では、強豪・仙台育英高との決勝を制し、見事初優勝。東北大会でも塚本、高橋の両左腕を中心に日大東北高、酒田南高と甲子園出場経験がある私立校を破り、４強入りを果たした。町内の清掃活動、地元農家を訪ねて特産品である梨の受粉を手伝うなどの地域貢献活動も評価された。

■関東・東京　身延高（山梨）
県大会３位。
山間部に位置し、過疎・少子化の影響で生徒数減などの影響を受けながらも、昨秋の県大会では名門・甲府工高に１点差で惜敗するなど強豪校と互角に渡り合った。日蓮宗の総本山・身延山久遠寺の階段２８７段を駆け上るトレーニングは、同校の名物となっている。卒業生には元副総理の故・金丸信氏らがいる。

■東海　名張桔梗丘高（三重）※推薦辞退
東海大会１回戦。県大会３位。
交通事情が悪い山間部にある学校で、通学に時間がかかるなど練習時間が限られる中、東海大会出場を果たした点や、年に９回の美化活動が評価されての候補入りとなった。昨秋の県大会２回戦では、昨夏の甲子園に出場した菰野高を延長戦の末に退けるなど、勝負強さを発揮した。

■北信越　村上桜ヶ丘高（新潟）
北信越大会１回戦。県大会準優勝。
昨年の県大会では春優勝、夏８強、秋準優勝と１年を通して好成績を収めた。練習の時間と場所を確保するため、借り受けた運動広場を部員たちで整備し、手づくりの練習場をつくるなど、悪条件を克服した。昨秋の北信越大会では、甲子園でベスト４に進出したこともある佐久長聖高に３対５で惜敗した。

■近畿　彦根東高（滋賀）
近畿大会１回戦。県大会準優勝。
過去２度、春の甲子園に出場している。２１世紀枠の候補になるのは、２００２年に続き２度目。毎年国公立大に多くの合格者を出す県内屈指の進学校でもあり、文武両道の実践が認められた。昨秋の近畿大会では初戦で昨春の甲子園で４強入りした強豪・東洋大姫路高と対戦。敗れはしたが、４対６の接戦を演じた。

■中国　呉宮原高（広島）
中国大会１回戦。県大会３位。
昨秋は限られた練習時間、狭いグラウンドなどの悪条件を克服し中国大会出場を果たした。進学校としても知られ、合宿中も勉強時間を設けるなど文武両道の実践が評価された。昨秋の県大会では山陽高、崇徳高、近大福山高、尾道商高と甲子園出場経験校４校を立て続けに破った。初出場となった中国大会には、平日にも関わらず大応援団が駆けつけた。

■四国　土庄高（香川）
県大会４強。
瀬戸内海・播磨灘に浮かぶ小豆島に所在し、部員は全員が島内の出身。練習試合の移動に負担がかかるといったハンディを乗り越えての部活動やボランティア活動などが認められた。昨秋の県大会では、持ち味の積極的な打撃を武器に３２年ぶりの４強入り。３位決定戦で敗れ、四国大会進出はならなかったものの、春夏合計４回の甲子園出場を誇る丸亀高に３対５と善戦した。

■九州　大分上野丘高（大分）
九州大会２回戦。県大会準優勝。
大分県で最も古い県立校で、春２回、夏１回の甲子園出場経験を持つ古豪。練習時間が平日２時間、休日４時間と制限されている中、昨秋の県大会では準優勝の好成績を収めた。九州大会では、２００５年センバツ準優勝の神村学園高に２対３とあと一歩のところまで迫った実力は、２１世紀枠候補の中でも屈指の存在と言える。