箱根駅伝では車両の混雑を考慮し、繰り上げスタートが採用されている。各中継所でトップが通過してから一定時間が過ぎると、前の走者が到着していなくても次走者が走り出さなければならない。往路は鶴見・戸塚中継所が10分、平塚・小田原中継所が15分、復路は全ての中継所において、20分が経過すると繰り上げと定められている。

　繰り上げで出発するチームは、大会本部が用意する黄色と白のストライプのたすきを使用して走るが、5区と10区は各チーム独自のたすきが使用できる。

　給水は、主催者が用意した水、もしくは指定ボトルに入れたスポーツドリンク、各校が用意した飲料を使用するというルールが設けられている。給水地点は1区と6区をのぞく各区間の10キロ付近（5区は7.1キロ地点）と15キロ付近（5区は15.8キロ地点、9区は14.4キロ地点）に定められている。なお、1区と6区の給水は認められていない。

　また、給水員は「各チームの部員あるいは各チームが許可した大学関係者」と指定されている。

　1月3日の復路は、往路1位のチームから時差スタートする。往路で1位のゴールから10分以内に到着したチームは、トップとの時間差によって出発する。だが、10分を超えたチームは、復路では先頭の出発から10分後に一斉スタートする。10分を超えた分の時間差はその後の区間にも引き継がれるため、見た目の順位と実際の順位が異なるという現象が発生する。復路を一斉スタートした学校は、往路での時間差も考慮しながらレースを進めなければならない。

　走者が故障や病気など、何らかの理由によって走行が困難になった場合、本人が競技続行の意思を持っていても、運営管理車に乗務する競技運営委員、走路管理員、監督またはコーチの三者が合意すれば競技は中止となる。その場合は競技運営委員が赤い旗を挙げることによって、走者に通告する。走者は原則として給水以外で他人の手助けを受けてはならないが、競技役員や運営管理車に乗務する監督・コーチが状態を確認したり、安全を確保するために一時的に体に触れることは、手助けとはみなされない。

　なお、途中棄権した場合、次の区間からは最終走者と同時にスタートする。棄権した前区間までの記録は正式に認められるが、以後はオープン参加になり、区間成績は参考記録となる。

　これまでさまざまなドラマを生んできたシード権争い。今大会で上位10位までに入った大学は次回大会のシード権を与えられる。11位以下となった大学は、例年10月に行われる予選会に回ることとなる。