長野県選抜の選手を中心に結成された山雅サッカークラブとして活動をスタート。2005年にJリーグ入りを目指し、松本山雅フットボールクラブと改称し、2012年にJ2リーグに昇格した。チーム名の「山雅」は、結成された当時の選手たちが通っていた松本駅前にある喫茶店「山雅」に由来。エンブレムの上の３つ角は、常念岳を中心とした北アルプス、その部分を含めた上部は松本城を図式化したもの。この2つのモチーフで、ホームタウン松本のアイデンティティを表現。また、両脇にはクラブの愛称「ターミガンズ」でもある雷鳥(県鳥)が配置されている。