1913年（大正2年）創部。1928年（昭和3年）京都大学専門学校野球連盟から旧制大学が独立し大谷大学、京都帝国大学、立命館大学などと京都五大学野球連盟を創立。1950年（昭和25年）、京都六大学野球連盟創立に京都学芸大学、大谷大学、京都薬科大学、京都工芸繊維大学、西京大学とともに参加、初年から3連覇を果たす。1956年（昭和31年）、京滋大学野球連盟の創立に加盟、京滋リーグに参加する。

1962年（昭和37年）、平安高校監督を務めた西村進一が監督に就任。同年の関西大学野球連合の結成により京滋大学野球連盟は関西六大学野球連盟 (旧連盟)の下部リーグとなる。翌年、伊能正司や山本忠男を擁して京滋リーグで優勝したため大阪商業大学との入れ替え戦が行われ、勝利して関西六大学野球連盟に昇格することとなる。1965年（昭和40年）、駒大、立正大、愛知学院大との仏教系4大学大会が始まり、現在まで続く。

1968年（昭和43年）、梅村好彦と植木一智のバッテリーで関西六大学リーグ初優勝を果たし、全日本大学野球選手権ではベスト4に進出。しかし1971年（昭和46年）に西村監督が退任した後は再び京滋リーグに降格。1982年（昭和57年）、関西大学野球連合の解体に伴い発足した新生関西六大学野球連盟に加盟。1985年（昭和60年）に17年ぶりのリーグ優勝。以後、リーグ強豪としてたびたび全日本大学野球選手権に出場。1998年（平成10年）にはエース河端龍、主砲本郷宏樹を擁して30年ぶりにベスト4に進出する。2000年（平成12年）には春リーグから翌年の春リーグにかけて20連勝を記録。杉山直久と植大輔のダブルエースが活躍し、第31回明治神宮野球大会にて念願の明治神宮野球大会初出場を果たし、ベスト4に進出。

2013年（平成25年）、OBで元プロの山本樹が監督に就任し2014年（平成26年）春季に優勝し第63回全日本大学野球選手権大会に2年ぶり17回目の出場。同監督退任後2018年（平成30年）3月にOBの杉森 実が監督に就任し4季指揮を執る。2020年（令和2年）2月、本郷宏樹が監督に就任。

・瀧中 瞭太（楽天）

・長谷川 凌汰（日本ハム）

・石田健人マルク（中日）

・古本 武尊（元中日）

・古野 正人（元ヤクルト）

・深江 真登（元オリックス）

・前田 祐二（元オリックス）

・永川 光浩（元広島）

・柳瀬 明宏（元ソフトバンク）

・齊藤 信介（元中日）

・植 大輔（元中日）

・杉山 直久（元阪神）

・木元 邦之（元日本ハム）

・吉川 勝成（元近鉄）

・本郷 宏樹（元ヤクルト）

・河端 龍（元ヤクルト）

・大島 寛（元西武）

・正津 英志（元中日）

・益田 大介（元中日）

・山本 樹（元ヤクルト）

・梅村 好彦（元南海）

・植木 一智（元阪神）

・伊能 正司（元近鉄）

・山本 忠男（元南海）