二巡目指名はウェーバー順に行われ、シミュレーション実施時点（9月11日）でセ・リーグ最下位だった中日から行われた。

　豊作と言われる今年のドラフトは、例年であれば一巡目で消えるような選手が二重目の早い段階まで残っている可能性が高いと言われており、実際に一巡目の指名シミュレーションでは前評判の高かった何人かの選手が指名されなかった。そんな「13人目の1位指名」とも言える中日の二巡目で、井端さんが指名したのは大学ジャパンメンバーでもある桐蔭横浜大の左腕・古謝樹投手。課題の打撃面を強化するために即戦力野手の指名も考えられたが、「ボールの出所が見にくい」と評価する即戦力左腕を指名した。「1位で右の常廣投手、2位で左の古謝投手が獲れるのは大きい」と井端さんも喜んだ。

　続く日本ハムの二巡目は、即戦力外野手のENEOS・度会隆輝選手。日本ハムもこのオフに主力投手の移籍が噂されており即戦力投手が欲しいところだが、1位で下村投手が獲れたことから「スター性のある中軸打者」として、西尾さんは度会選手を指名した。投手陣の補強が急務のヤクルトに井端さんが選んだのは、専修大・西舘昂汰投手。荒削りではあるとしながらも、ボールの力を評価して指名した。

　昨年上位で野手2人を指名した西武は、1位の真鍋選手に続いて大学No.1捕手と言われている上武大・進藤勇也選手を指名。2年連続で1位、2位が野手の指名となった。「阪神の2位で進藤選手の指名を予定していた」という井端さんは、この指名に頭を抱えた。

　楽天は右の長距離砲・廣瀬隆太選手（慶応大）、DeNAは上田希由翔選手（明治大）と、大学球界を代表するスラッガーが続けて指名された。上田選手を指名した井端さんは「DeNAに入れば覚醒もある」と評価する一方で、「本当はここで度会選手を指名したかった」と言う。その上田選手にしても「中日の二巡目で指名をするか迷っていた」というのだから、西武に指名された進藤選手も含め、1つの指名によって､その後の各球団の指名プランがめまぐるしく変わることがよく分かる。本番ドラフト会場のテーブルはきっと戦場なのだろうということが、シミュレーションを通してうかがい知れた。

　ソフトバンクは鹿児島城西高・明瀬諒介選手を指名。西尾さんは即戦力投手よりも長年育っていない「右の大砲」を優先させた。その西尾さんが、二巡目最後となったオリックスで指名したのは、投打両方に可能性を秘めた山形中央高・武田陸玖選手。木製バットへの対応力、守備のハンドリング、野球センスの高さなど、井端さんもバッターとしての素質に太鼓判を押す逸材がここまで残っていた。

　二巡目の指名選手の内訳は、高校生3人（投手1、内野手2、外野手1）、大学生7人（投手4、捕手1、内野手2）、社会人2人（投手1、外野手1）となった。
＊武田選手は投手、内野手、外野手それぞれでカウント

【二巡目指名選手一覧】（指名順）
■中日｜古謝樹　投手　桐蔭横浜大
■北海道日本ハム｜度会隆輝　外野手　ENEOS
■東京ヤクルト｜西舘昂汰　投手　専修大
■埼玉西武｜進藤勇也　捕手　上武大
■読売｜上田大河　投手　大商大
■東北楽天｜廣瀬隆太　内野手　慶応大
■横浜DeNA｜上田希由翔　内野手　明治大
■ソフトバンク｜明瀬諒介　内野手　鹿児島城西高
■広島｜松本健吾　投手　トヨタ自動車
■千葉ロッテ｜高太一　投手　大商大
■阪神｜横山聖哉　内野手　上田西高
■オリックス　武田陸玖　投手／内野手　山形中央高